O projeto EcoRespira-Amazônia é amplamente definido pelas seguintes questões de pesquisa – e suas implicações:

• Quais são as taxas de respiração de solo/ecossistemas na bacia Amazônia?
• Há alteração na taxa de respiração após o desflorestamento e mudança de uso da terra? Em caso positivo, como?
• Há uma relação entre os reservatórios de carbono orgânico e de nitrogênio e as taxas de respiração?
• Qual é a relação entre estes reservatórios e da respiração de solo/ecossistemas na bacia Amazônia e sistemas de uso da terra em comparação com áreas não tropicais?
• Podemos discernir entre a atividade microbiana e fúngica (Mycorrhiza) do solo?
• Os novos dados de respiração podem ser usados para calcular a taxa de conversão do material orgânico – e como é a relação entre estes resultados e resultados anteriores?
• Qual é a geoquímica dos solos na bacia Amazônia?
• Há uma faixa estreita entre as amostras de solo coletados em locais diferentes?
• Existem concentrações dispares entre os elementos maiores, menores ou traços?
• Qual é a diferença entre os novos dados e dados mais antigos?